2001年6月14日至15日，由中國、俄羅斯、哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦組成的“上海五國”元首在上海舉行第六次會晤，烏茲別克斯坦以完全平等的身份加入“上海五國”。15日，六國元首簽署《上海合作組織成立宣言》，上海合作組織正式成立。

2002年6月7日，六國元首在俄羅斯圣彼得堡簽署《上海合作組織憲章》，標志著該組織從國際法意義上得以真正建立。

2003年5月29日，元首理事會第三次會議在莫斯科舉行。六國元首簽署《上海合作組織成員國元首宣言》。

2004年6月17日，元首理事會第四次會議在烏茲別克斯坦首都塔什干舉行。六國元首正式啟動上海合作組織地區反恐怖機構，簽署、批準了《塔什干宣言》、反毒合作協議等多份重要文件，并決定采取新舉措，推進安全和經濟方面的務實合作，建立成員國外交部間協作機制等。塔什干峰會標志著成立三年的上合組織正式結束初創階段，進入了全面發展的新時期。會上，蒙古國被吸收為上合組織觀察員。