2005年4月12日，獨聯體執行委員會與上合組織秘書處在北京簽署諒解備忘錄，獨聯體成為第一個與上合組織以簽署具有法律效力的文件來確立合作關系的國際組織。4月21日，上合組織秘書處與東盟秘書處簽署了諒解備忘錄。7月5日，上合組織給予巴基斯坦、伊朗、印度觀察員國地位。11月4日，上合組織與阿富汗簽署關于建立聯絡小組的議定書。

2006年5月22日，上合組織論壇在莫斯科成立。6月15日，六國元首簽署了《上海合作組織五周年宣言》等重要文件，為上合組織的下一步發展確定了方向和任務。

2007年8月16日，六國元首在吉首都比什凱克簽署了《上海合作組織成員國長期睦鄰友好合作條約》，把成員國人民“世代友好、永保和平”的思想以法律形式確定下來。

2008年8月28日，元首理事會第八次會議在塔吉克斯坦首都杜尚別舉行。六國元首就上海合作組織發展和合作重點方向、相互關系準則、對外交往基本立場等達成新的重要共識。會議通過了《上海合作組織成員國元首杜尚別宣言》 《上海合作組織對話伙伴條例》等重要文件。